Поскольку явная векторизация для ARM NEON поддерживается из коробки в последних версиях Eigen, я полагаю, вам вообще не нужно было делать ничего особенного. Раздел по установке в руководстве гласит:
Чтобы использовать Eigen, вам просто нужно скачать и извлечь исходный код Eigen (инструкции по загрузке см. В вики). Фактически, заголовочные файлы в подкаталоге Eigen являются единственными файлами, необходимыми для компиляции программ с использованием Eigen. Заголовочные файлы одинаковы для всех платформ. Нет необходимости использовать CMake или устанавливать что-либо.
Резюме: это библиотека с заголовками. Компиляция не требуется.
Предполагая, что у вас настроена правильная цепочка инструментов, вам следует идти вперед. Если вы используете один из поддерживаемых компиляторов (я полагаю, gcc), он должен автоматически определить, какие оптимизации нужно скомпилировать (редактировать: при условии наличия правильных флагов компилятора, например, включен NEON).
Что касается того, как скомпилировать материал для iPhone, ну на эту тему я не обращаю внимания: D