Если вас не волнует манифест и другая метаинформация (что, вероятно, вам не нужно, поскольку вы просто хотите извлечь ресурсы), вы можете просто извлечь файлы с помощью jar -xvf myjar.jar, удалить каталог META-INF и создать новую (беззнаевую банку).
Если вы действительно заботитесь о метаинформации, посмотрите на Понимание подписи и проверки для описания того, что делает подпись. У вас должна быть возможность отменить подпись в банке, отредактировав манифест и удалив файл подписи в каталоге META-INF банки.
Вышеприведенные ответы могут ответить на ваш вопрос, но они могут не решить вашу проблему, потому что я не уверен, что наличие подписанного фляги приведет к тому, что ресурсы будут «испорчены». Сами ресурсы не зависят от процесса подписания. Если вы просто извлекаете ресурсы с помощью самой команды jar (как во втором абзаце выше), у вас все еще есть проблемы?