Мне нужно хранить данные в файлах внутри .jar-файла и читать их снова
Нет, не надо.
Вместо этого сохраните файл «по умолчанию» внутрибаночкаЕсли он изменен, сохраните измененный файл в другом месте.Одно общее место - это подкаталог user.home
.При проверке файла сначала проверьте наличие измененного файла в файловой системе и, если он не существует, загрузите файл по умолчанию.
Обратите внимание, что, как правило, лучше описать цель, а не стратегия. 'Хранить измененный файл в Jar' - это стратегия, тогда как 'Сохранять настройки между прогонами' может быть целью.
Связанный: В чем проблема XY?