Я думаю, что вам может понадобиться разрыв строки после activate
, то есть
on run
tell application "Terminal"
activate
do script "perl -mURI -lne 'print ((URI->new(/([\\S]+) \\z/msx)->path_segments)[-1])' < testfile.txt > testfile1.txt"
end tell
end run
Я также удалил несколько лишних вещей и протестировал это на OS X 10.6.