В Project Properties -> Build -> C Compiler вы можете установить «Дополнительные параметры»
$$(pkg-config --cflags --libs gtk+-2.0 more)
обратите внимание на двойное $, иначе NetBeans будет рассматривать его как один из своих собственных параметров.
Похоже, что вам все равно нужно будет включать дополнительный каталог include (например, /usr/include/gtk+-2.0) вручную, хотя - General-> Include Directories не позволяет вам указать выражение оболочки для оценки , Это не остановит компиляцию, но просто лишит IDE возможности найти заголовки и, таким образом, поможет вам с кодом.