Статьи, на которые вы ссылаетесь, все еще в пути.Каждый SessionFactory отвечает за одно соединение (connectionstring) и схему.
Существует один особый случай, когда вы разделяете базу данных на несколько с одной и той же схемой для балансировки нагрузки.Это называется шардингом, и для его решения есть вклад NHibernate.Shards .