mongo <name of db> --eval "db.runCommand( <js in here> );"
Или, если у вас нет определенного сценария runCommand, вы можете просто сделать:
mongo <name of db> --eval "<js in here>;"
Если вы используете возвращаемое значение:
mongo <name of db> --eval "db.eval('return fnName()')"
Для файла
mongo <name of db> some_instructions.js