Вы можете использовать Java ProcessBuilder по умолчанию.
ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder("cmd", "/c", "start", "update.bat");
builder.start();
builder.waitFor();
Вызов waitFor
будет заблокирован, поэтому, как только он вернется, вы узнаете, что ваш пакетный скрипт выполнен.
В качестве альтернативы,Вы можете использовать обыкновенный кувшин.Это имеет больше возможностей для проверки результата и не блокирует ваш поток.См. этот пример о том, как это работает.