ln -s /usr/local/apps/apps1/java/file.jar file.jar
создаст символическую ссылку на jarfile, которая может разрешить JVM запустить jarfile. Конечно, это будет работать только в каталоге, содержащем символическую ссылку.
Вероятно, нет способа сделать это вообще без использования скрипта.