MySQL может обрабатывать миллионы записей в одной таблице без каких-либо настроек. С небольшими изменениями он может обрабатывать сотни миллионов (я так и сделал). Так что я бы не волновался об этом.
Для повышения производительности вставки следует использовать пакетные вставки.
insert into table my_table(col1, col2) VALUES (val1_1, val2_1), (val1_2, val2_2);
Хранение записей в файле и использование load data infile
дает еще лучшие результаты (лучший в моем случае), но это требует больше усилий.