Настройте владельца / разрешения, чтобы пользователь, выполняющий код под Apache, не мог ни изменять файлы кода, ни создавать файлы .pyc. Пользовательское приложение запускается так, как должно иметь возможность записывать данные или загружать каталоги, которые ему действительно необходимы, поскольку в любом случае это безопаснее.
Наиболее надежным методом развертывания будет установка новой версии в совершенно новую иерархию каталогов с файлом сценария WSGI вне этого дерева. Затем замените файл сценария WSGI новым, ссылаясь на новый каталог. При этом файл сценария WSGI при этом не следует редактировать на месте, но новый файл перемещается на место, поэтому файловая система выполняет атомарную замену всего файла и не рискует быть отобранным на лету.