MySQL спроектировал его так, чтобы преобразование между типами таблиц было надежным.
Единственный риск для ваших данных, кроме времени, которое требуется для выполнения преобразования, - это обычный фоновый риск, который вы бы имели в любой момент, когда ваша база данных работает. То есть, вы все равно должны всегда иметь резервные копии, и, если ничего не потеряно, вам, вероятно, следует иметь репликацию.