Я бы пошел с ответом Сакета.Но вместо жесткого определения местоположения всегда лучше иметь относительный путь.
Если вы запустили ваше приложение из метода main из класса, называемого Launcher, например, и это структура вашего каталога Eclipse Project:
Java Project
src
bin
Тогда просто укажите ваше местоположение как1006 *
log4j.appender.R.File=./log/Logfile.log
Это создаст файл в журнале каталога:
Java Project
src
bin
log
LogFile.log
Надеюсь, вы его получили ..:)