Перед фактическим HTML-документом у вас есть куча тегов стиля и скрипта. Они должны быть в заголовке страницы.
Тег doctype должен быть первым тегом в источнике, в противном случае IE отобразит страницу в режиме причуд. Другие браузеры также могут отображать его в режиме причуд, но для IE это намного больше. Одно большое отличие состоит в том, что модель коробки обрабатывается неправильно.
Как только вы получите правильную базовую структуру кода, вы должны проверить html и css , чтобы увидеть, есть ли еще проблемы в коде. Я сразу вижу, что у вас есть HTML-тип документа, но вы используете в коде теги XHTML.
Если после очистки кода меню все еще не работает, я предполагаю, что это проблема с z-index, так что меню отображаются, но скрыты за основным содержимым. IE неправильно обрабатывает z-index для элементов с макетом.