Это выглядит так:
var vid = $.trim($(this).attr('href').replace('#', ''));
это проблема. Извлечение href из тега <a>
вернет полностью определенный URL (включая http: // и домен на передней панели). Затем в этой строке вы добавите его в конец другого полностью определенного URL:
src: 'http://www.youtube.com/embed/' + vid
Это даст странный результат, подобный этому:
http://www.youtube.com/embed/http://www.domain.com/xxxxxx
для атрибута iframe src =, который скорее всего не тот, который вам нужен.
Что может сбить вас с толку, так это то, что при извлечении href из тега <a href="index.html">
получается полный URL-адрес, даже если источник страницы имеет только относительный URL-адрес. Если вам нужен только путь или имя файла из этой ссылки href, вам придется проанализировать его.
Я подтвердил с помощью реконструкции вашего HTML и вашего кода, что, если вы дадите iFrame такой плохой URL, он перенаправит всю страницу (даже в Chrome). Вот jsfiddle: http://jsfiddle.net/jfriend00/4P3dh/.
Если нажать «Выполнить» и щелкнуть ссылку «Нажмите меня», она перенаправит всю страницу из-за неверного URL-адреса в iFrame.