Учитывая, что вы хотите загрузить файл с размером, превышающим размер, который может обрабатывать FileReference, я предлагаю использовать функцию загрузки файлов с помощью php или другого серверного сценария загрузки файлов.
Как только ваши данные станут доступны на сервере, получите байтовый массив содержимого файла и отправьте его в свое приложение flex.
Конечно, это косвенный путь, но это единственное решение, которое я могу придумать, если только вы не можете разделить файл и загрузить в пакетном режиме!