По моему опыту, пример для two or more databases from same data source
Основная база данных : hibernate.cfg.xml
<property name="hibernate.connection.url">
jdbc:mysql://ip_adress:3306/main_db
</property>
Альтернативная база данных : класс домена
@Table(catalog = "alt_db", name = "table_name") // Specify catalog
@Table(catalog = "alt_db2", name = "table_name")