Запоздалое обновление ... Предоставление кода, в котором возникла эта проблема, вероятно, было бы не слишком практичным, так как я подозреваю, что для полного его изучения практически потребуется весь мой код.
Мои имена переменных начинались с заглавных букв, в основном потому, что я только что вернулся к Java после примерно 10 лет работы с другими языками, поэтому мне потребовалось некоторое время, чтобы вернуться к тому, что происходит - не красиво, но я бы хотел быть удивленным, если бы это имело значение. Тем не менее, спасибо, ребята, за ответы.
Подоплекой проблемы было то, что я решил обработать данные, хранящиеся в этих файлах, как объекты класса. Таким образом, объект Drafts будет содержать все проекты документов, а конструктор класса вызовет метод getLocalFile и сохранит его локально в классе, что позволит мне работать с ним (используя различные методы типа get / set), прежде чем снова записать его в файл с методом 'commit' (вызывающим setLocalFile).
Были вызваны различные объекты такого класса, но не более одного экземпляра для каждого файла данных. Что меня озадачило, так это то, что все работало нормально, кроме операции FS, которую просто игнорировали. Как только я получил доступ к файлам напрямую (игнорируя написанные мной обертки классов), проблема исчезла.
Оболочки классов отлично работают в других частях приложения, и эта проблема возникала только в одном, сложном и довольно интенсивном разделе.
Как я уже сказал, я возвращаюсь в Java только после длительного отсутствия (и многое изменилось), но, глядя на проблему и то, как она "разрешилась" сама, я предполагаю, что это была какая-то форма потока / проблема с памятью - по сути, я получал доступ к ФС из-за слишком большого количества объектов, и в итоге решил, что больше не хочет играть.
Проблема, как я уже сказал, решена, но меня беспокоит то, что решение не позволило мне обернуть мои объекты данных более элегантно . Если кто-то может предложить причину / решение для этого, я с радостью опробую его и сообщу, в противном случае этот ответ может помочь кому-то с подобной проблемой в будущем - по крайней мере, найти неэлегического решение ...