Модульные тесты используются для тестирования отдельного блока (класса) в изоляции. Интеграционные тесты предназначены для тестирования нескольких устройств вместе. Таким образом, вы, вероятно, не будете иметь соотношение 1: 1 между классами и интеграционными тестами, к которым они принадлежат.
Я бы создал отдельную структуру каталогов - возможно, даже отдельный проект - для размещения интеграционных тестов. NetBeans не сможет открыть «тест», к которому принадлежит класс, потому что он будет принадлежать нескольким тестам, но он будет продолжать открывать свой соответствующий модульный тест.
У нас есть отдельный проект для наших интеграционных тестов (называемый тестами работоспособности до моего приезда) с использованием Selenium, и он пока работает достаточно хорошо.
Обновление
Макет каталога для наших интеграционных тестов довольно прост: один каталог на сайт. У нас есть единая кодовая база для сайта, и мы используем представления, чтобы позволить отдельным сайтам переопределять макет (больше, чем просто скиннинг). Мы не потратили столько времени на эти тесты, как хотелось бы. Мы используем Selenium для запуска тестов после отправки сайтов на промежуточный сервер. У меня еще не было возможности подключить их к нашему серверу непрерывной интеграции (Jenkins), но это было бы идеально.
Я бы рекомендовал организовать их по функциональным областям или модулям на вашем сайте. В основном это зависит от того, как вы думаете о проекте, который вы тестируете. Пример может выглядеть так:
src/
Model/
Cart.php
...
tests/
unit/
phpunit.xml
bootstrap.php
Model/
CartTest.php
...
integration/
account/
login/
register/
subscriptions/
products/
listing/
details/
search/
cart/
shop/
checkout/