Я не эксперт в этой области, но вы можете сделать это следующим образом ... теперь, когда вы сказали, что все ваши данные могут быть представлены в виде дерева ...
Найдите все объекты, которые будут листом вашего дерева, и сделайте эти объекты таблицей в БД (имейте в виду, что вы создаете таблицу только для объектов, имеющих разную структуру, а не потому, что они имеют разные значения)
Повторите вышеуказанный шаг для одного уровня выше, пока не достигнете вершины
В конце концов вы обнаружите, что только что получили свою БД.
Если быть более точным, вам нужно изучить СУБД