Быстрый Google обнаружил этот сайт , который имеет код для консольного приложения с прозрачным окном.
В сущности, вы должны получить дескриптор к окну консоли и вызватьнекоторые нативные методы API, в основном SetLayeredWindowAttributes
[DllImport("user32.dll")]
static extern bool SetLayeredWindowAttributes(IntPtr hwnd, uint crKey,byte bAlpha, uint dwFlags);