У меня были некоторые проблемы с одной комбинацией Xdebug и PHPUnit (как и другие, из отчета, который я написал на devzone.zend.com в то время), но это было некоторое время назад , PHPUnit явно поддерживает Xdebug - и я использую его для создания отчетов о покрытии кода для моих собственных систем.
Я бы предложил довольно стандартные методы отладки, обновляя любые версии, которые вы можете (возможно, даже PHP?), Комментируя исключение @setExpectedException, или выбрасывая его явно - и, конечно же, следя за тем, чтобы у вас отображались полные предупреждения и ошибки. с включенным error_reporting(E_ALL|E_STRICT);.
Не забудьте остановить и перезапустить сервер Apache, чтобы убедиться, что модуль Xdebug также загружен.