Я не знаю, как работает HTMLPurifier, но, вероятно, это будет лучшее решение, чем встроенная защита XSS.
Подробнее об уязвимости Codeigniter XSS можно прочитать в этой статье .Возможно, это исправлено в последней версии, но если вы действительно хотите хорошую защиту, используйте что-то более мощное, чем CI Security Class (вы можете создать свой собственный класс).