Это невозможно.
Если вы введете хеш md5 в двоичный файл, двоичный файл изменится, поэтому хеш md5 также изменится. Если вы создадите новый и попытаетесь добавить его в двоичный файл, двоичный файл снова изменится.
Так что лучше всего поместить хеш в файл, прочитать этот файл и отобразить его содержимое.
Другим способом может быть создание хэша md5 двоичного файла, а затем добавление его в исполняемый файл. Чтобы получить значение, вы читаете последние 32 байта двоичного файла и отображаете его как md5. Конечно, если вы создаете хеш полного исполняемого файла, он не будет совпадать с хешем - вы должны создать хеш исполняемого файла, исключая последние 32 байта.
Если вы храните 128-битный хэш md5 в необработанном формате (база 256 вместо базы 16), вам потребуется только 16 байт.