Я делаю это, используя NSIS для IIS, используя:
$Sysdir\pkgmgr.exe /n:$Temp\iis7Unattend.xml
Вы можете вызвать программу pkgmgr из вашей программы на c #, и обычно вы создадите файл автоматической установки с инструкциями для pkgmgr, который будет использоваться для этой функции..
Вам нужно использовать
System.Diagnostics.Process.Start().