Это зависит от того, как используется функция. Если он написан так, что он может быть встроен компилятором, тогда нет никакой пенальности. Однако, если функция не может быть встроена, тогда, конечно, есть некоторые накладные расходы. Однако простой доступ к текстуре уже дороже, чем вызов функции, поэтому я не стал бы беспокоиться об этом. К счастью, GLSL-компиляторы стали вполне способны.