У меня возникло такое же чувство организационной ОКР / страх, когда я впервые начал составлять программы из исходного кода.Единственное, о чем вам придется беспокоиться (из моего опыта), это библиотеки, сталкивающиеся с любым менеджером пакетов, который пытается установить / символическую ссылку в то же место.Большинство менеджеров предупреждают о существовавших ранее коллизиях библиотеки.Вы также можете удалить самоскомпилированное программное обеспечение / библиотеки с помощью команды make uninstall, когда вы больше не хотите их использовать.
Если вы работаете в OSX, я обнаружил, что с помощью диспетчера пакетов (homebrew для OSX-пород)) был самым простым способом компилирования FFMPEG, включая зависимости.