В этом случае JBoss автоматически сканирует и проверяет файлы с именем persistence.xml, поскольку вы используете Spring для управления bean-компонентами, я полагаю, вы не используете EJB3.
Необходимо понимать, хотите ли вы, чтобы JBoss управлял транзакциями JTA для вас, и если вы хотите использовать JBoss Transaction Manager, или если вы просто хотите выполнять транзакции JPA без контроля транзакций JTA.
Если вы хотите просто использовать JPA-транзакции и пропустить JBoss TransactionManagener, вы можете просто переименовать свой файл persistence.xml в spring-persistence.xml (или как вам угодно), а в файле spring-context.xml вы можете изменить Ваш entityManagerFactory для этого:
<!-- JPA primary EntityManagerFactory -->
<bean id="entityManagerFactory" lazy-init="true"
class="org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactoryBean"
p:persistenceUnitName="ExamplePU"
p:persistenceXmlLocation="classpath:/META-INF/spring-persistence.xml"
p:jpaVendorAdapter-ref="jpaVendorAdapter"
p:jpaDialect-ref="jpaDialect"
p:dataSource-ref="dataSource"/>
В результате переименования файла JBoss не будет его проверять, поскольку вы работаете вне спецификации EJB и не используете EJB-компоненты, JBoss не должен сканировать этот файл в любом случае. И так как вы переименовали его, вам нужно сообщить Spring, где он находится и под каким именем.