Да, у меня та же проблема ...
Когда файл уже оставлен на диске в вашей рабочей области, и сравнение схемы пытается записать новую таблицу «MyViewName.view.sql» на диск, он находит файл, который уже существует, и решает создать новую против перезаписи тот, что на диске.
Я не знаю, является ли это проблемой VS 2010 ... если она задумана из-за того, как работают рабочие пространства, или это проблема самого проекта базы данных.
Я надеюсь, что кто-то другой может предложить лучшее объяснение.
Что для решения проблемы мне пришлось удалить файлы с диска и повторить сравнение.
Одна вещь, которую вы могли бы сделать, это использовать электроинструменты:
В Visual Studio удалять локальные файлы при отмене ожидающих изменений