SQLite реализован на C, HSQL реализован на Java.
Должно быть проще и проще интегрировать SQLite с проектом приложения, написанным на C или C ++, тогда как я ожидаю, что технологию HSQL легче интегрировать с проектом, написанным на Java.
Нет сомнений в том, что между этими двумя встроенными базами данных существует множество других, более тонких различий, но вышеуказанное является наиболее заметным отличием.