Самым простым вариантом здесь будет загрузка вашего собственного CSS таким образом, который переопределит CSS Gist - это будет намного проще, чем пытаться динамически изменять код, предоставляемый Gist.Для этого есть два варианта:
Добавить !important к своим объявлениям CSS.
Используйте те же селекторы, что и в Gist CSS, но добавьте к ним другой селектор, чтобы сделать их более специфичными, чем объявления в Gist CSS, например, mycontentarea .gist-syntax .c
Второй вариант, вероятно, будет более надежным, если вы знаете селектор для включающего элемента.Смотрите рабочий пример здесь (я заменил стандартный цвет строки Gist на противный желтый): http://jsfiddle.net/aqGEc/