Меня это тоже бесконечно раздражало ...:)
Вы используете какую-то систему управления версиями кода (SVN, Mercurial, Git, ...), и NetBeans сообщает вам, был ли файл передан или нет. Поэтому, когда вы фиксируете, «измененный» ярлык исчезает. Приведенное ниже решение написано для Mercurial, но должно быть аналогичным и для других.
Решение: перейдите в Инструменты> Параметры (NetBeans> Настройки на Mac), нажмите Разное, выберите вкладку Управление версиями, выберите систему управления версиями кода слева (Mercurial), затем удалите "{status}" из "Ярлыки состояния Mercurial формат».
Больше информации здесь . Удачи! :)