Вы можете использовать OpenOffice, который может открывать все эти форматы. OpenOffice также можно использовать для преобразования документа в HTML. Все это можно сделать через Java API на сервере (графический интерфейс не требуется).
Я не знаю, насколько хорош сгенерированный HTML, но, возможно, стоит попробовать.
Для PDF вам потребуется плагин OpenOffice, который позволяет OpenOffice открывать PDF-файлы (для редактирования).