<script id ="VERTEX" type="GL_VERTEX_SHADER">
...
uniform mat4 theMatrix;
void main(void) {
gl_Position=.... }
</script>
...
<script>
...
var A_Matrix = [
x, 0, a, 0,
0, y, b, 0,
0, 0, c, d,
0, 0, -1, 0
];
var _Matrix=gl.getUniformLocation(program,"theMatrix");
gl.uniformMatrix4fv(_Matrix,false,new Float32Array(A_Matrix));
...
</script>
Если вы определите
uniform mat4 theMatrix;
в вершинном и фрагментном шейдерах, тогда матрица, которую вы установили из инициации, может использоваться в обоих шейдерах.