Вы можете добавить значения массива String [] к индексу (так же, как с узлами / отношениями), и он будет индексировать каждый элемент в массиве отдельно, и я думаю, что это решит вашу проблему.
Index myIndex = graphDb.index().forNodes( "profile" );
myIndex.add( myNode, "Education", new String[] {"Stanford University, Grad School", "Harvard University, MS"} );
myIndex.add( myNode, "Work", new String[] {"Nokia Siemens Networks", "Motorola"} );
// Query for it (remember the quote escaping)
myIndex.query( "Education:\"Stanford University, Grad School\" AND Work:Motorola" );
Это должно сделать это.