Gitorious понимает синтаксис Markdown в большинстве полей описания и еще много чего. Я не верю, что он будет отображать содержимое Markdown в файлах.
Обратите внимание, что Gitorious предоставляет как хостинг проектов, так и сервер с открытым исходным кодом, который вы можете установить в своих системах. Мы используем Gitorious для внутреннего использования, и он довольно приятный.