Вы должны использовать папку кеша для любых временных файлов, которые нужно сохранить.
Для загрузки файлов используйте папку загрузки
Для всего, что должно быть сохранено, создайте свою собственную папку навсегда ... просто не помещайте ее в веб (или она будет общедоступна) или в ваш пакет. Если вам нужно, чтобы файлы можно было загружать позже, вы всегда можете получить и отправить их через PHP, установив соответствующие заголовки.