Если ваш скрипт
#!/usr/bin/perl -CSDA
и вы запускаете его с помощью
./script foo
ОС запустит Perl следующим образом:
/usr/bin/perl -CSDA ./script foo
Изменениев поведении вступает в игру только в том случае, если скрипт запускается неправильно, например, с помощью
/usr/bin/perl ./script foo
Исправление заключается не в удалении -CSDA
, исправление - в правильном вызове сценария.