Вы говорите, что запускаете их один за другим из командной строки? Я не в Linux atm, поэтому я не могу это проверить, но я верю, что escape-символ звонка - "\ a" - работает в bash, поэтому вы должны иметь возможность сделать что-то вроде:
./dojob; echo "\a"
Опять же, это не в моей голове, так что проверь это чем-то вроде открытия gedit, за которым следует звонок или что-то в этом роде.