Извините за глупые вопросы, но вы очистили кэш и протестировали (попробуйте установить цвет границы или что-то в этом роде)? Является ли путь к файлу CSS правильным и доступным через ваш http-сервер (попробуйте открыть его в браузере и проверить, работает ли он без условного оператора)?
Другое дело, я бы пошел с gte (больше или равно).
<!--[if gte IE 9]>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="includes/ie9.css" />
<![endif]-->
Также проверьте, что нет никаких мета-тегов, совместимых с X-UA-Compatible, для ведения их обычного обезьяньего бизнеса (не имеет ничего общего с условными выражениями, но, похоже, в последнее время является причиной многих зол).