Все, что вам нужно сделать, это создать новый проект Flash Builder, поместить свой код в папку src и взять его оттуда.
Это самый простой вариант и то, что я бы сделал. Это две разные среды разработки, и вы не хотите импортировать код из папки проекта flashdevelop: вместо этого скопируйте эту папку в новом месте и, как я только что сказал выше, создайте там новый проект.
И, конечно, спросите себя, нужно ли вам работать с двумя разными программами. Я использовал Flashdevelop много лет, но теперь я использую только Flashbuilder. Пойдите с одним, и вы найдете вещи проще.
Thomas