Если вы ссылаетесь на контекстное меню оболочки (окно правой кнопкой мыши в проводнике Windows), вы не можете. Вы можете добавить в меню, которое будет отображаться для всех файлов .exe, но не для отдельного.
Вы можете зарегистрировать обработчик контекстного меню для всех исполняемых файлов, а затем отфильтровать переданное имя файла, чтобы увидеть, нужно ли вам его обрабатывать или нет, но это будет означать, что для каждой из сотен (или тысяч) исполняемых файлов на вашем компьютере, ваш фильтр будет работать при малой вероятности щелчка правой кнопкой мыши по вашему приложению.
Возможный обходной путь - поместить файл с пользовательским расширением в папку вашей службы и вместо этого добавить обработчик контекстного меню для этого файла. Если щелкнуть этот файл правой кнопкой мыши, пункты меню просто вызовут вашу службу с соответствующими параметрами командной строки.
(Конечно, лучшее решение - использовать апплет «Службы» на панели управления для управления вашим сервисом, что и сделано специально.)