Как уже сказал Мэтт, по умолчанию и единственное поведение Eclipse Navigator, которое можно использовать в любой перспективе, - это сортировка проектов по имени. Моя версия Eclipse (3.6.2) дает мне возможность сортировать ресурсы по типу, но это относится только к листам дерева (файлам).
Но ваш вопрос был о навигаторе PyDevs, поэтому я посмотрел на PyDev Package Explorer. Я не нашел вариант изменить сортировку проектов. Моя текущая установленная версия 2.7.1.x, и, насколько я помню, то же самое относится и к 2.6.0.x.
Так что на ваш вопрос нельзя ответить напрямую, потому что нет способа изменить сортировку проектов, не прикладывая усилий к исходному коду подключаемых модулей или расширению навигаторов (если существует соответствующая точка расширения).