Поскольку вы работаете в Tomcat, я думаю, что лучший способ получить доступ к базе данных - написать веб-сервис, который обрабатывает связь между приложением и сервером.
Веб-сервис будет написан на Java для запуска на TomCat с использованием JSP.
Я предполагаю, что вы пытаетесь связаться напрямую с базой данных MySQL (т.е. запускаете команды SQL непосредственно в базе данных), но я не думаю, что вы можете сделать это (хотя никогда не пытался и не изучал это), у меня есть У меня всегда было впечатление, что вам нужен некоторый код на сервере, чтобы сидеть между ними.