Да, с некоторыми оговорками:
Если у вас есть эти файлы, открытые, отредактированные и несохраненные в IDE в то время, то вам нужно будет сообщить IDE, следует ли отменить или сохранить изменения в IDE.
Если они открыты и не отредактированы, то, в зависимости от среды IDE, вам, возможно, придется сказать ей перезагрузить эти файлы (среда IDE должна предупредить вас, что файл изменился с момента его последнего открытия).
Если вы перемещаете файлы, и в вашей IDE есть какой-то файл проекта (который, помимо прочего, указывает, где находятся все файлы), и вы не обновляете его соответствующим образом, у вас могут быть проблемы.
Любые файлы, которые у вас еще не открыты в вашей среде IDE, должны работать должным образом, и я бы посчитал это ошибкой, если они не получат изменения.