Я создал много сайтов с Joomla (хотя, по общему признанию, не в паре с nginx) и никогда даже не задумывался над этим.Сколько контента в вашей установке?Перед тем, как серьезно задуматься о настройке базы данных, должно быть очень много.
Вы уверены, что ядро базы данных является причиной проблемы?Вы можете убедиться в этом, включив выходные данные отладки в глобальной конфигурации Joomla (в разделе «Система»), которая покажет запросы и некоторую информацию о времени в нижнем колонтитуле.Не забудьте выключить его, когда вы закончите с ним!
Посмотрите на время ввода Application afterRender.Если вы не видите там многосекундные значения, я буду искать вашу проблему в другом месте.