Какую команду вы использовали для удаления файлов?Это локальная команда или удаленная команда в Subversion?
$ svn rm file #Local mode
$ svn http://svnhost/svn/project/trunk/file #Remote mode
Если вы удаляли файлы в локальном режиме, они доступны только для чтения?Если это так, вам придется определить, что сделало их доступными только для чтения.На них есть замок?См. Главу книги Red Bean о блокировках.
Вы использовали команду Subversion.Правильно?