В большинстве случаев настройки phpMyAdmin по умолчанию подойдут.
Автоинкремент в основном используется для столбцов идентификатора первичного ключа, если тип int, который должен идентифицировать отдельные объекты.
Если пространство не имеет значения, вы можете установить ROW_FORMAT на FIXED . Этот параметр ограничивает размер хранилища каждой строки постоянным размером в байтах, даже если некоторые столбцы являются строками переменного размера (varchar).
Сопоставление и связанные настройки немного сложны. Я бы предложил использовать значения по умолчанию или просмотреть руководства.
Выбор между MyISAM или InnoDB - это не только выбор функций, но и шаблонов доступа. Часто MyISAM в порядке, в некоторых других случаях InnoDB лучше. Выбор должен, например, зависеть от количества и относительного веса операций чтения и обновления.