Вы не указываете локальные / относительные адреса для конечных точек! Поэтому они оба используют один и тот же базовый адрес / местоположение вашего виртуального каталога.
Попробуйте указать относительный адрес для обоих:
<endpoint
address="Service1"
binding="basicHttpBinding"
bindingConfiguration="LargeData_basicHttpBinding"
contract="Contracts.IService1" />
<endpoint
address="Service2"
binding="basicHttpBinding"
bindingConfiguration="LargeData_basicHttpBinding"
contract="Contracts.IService2" />
Теперь вы сможете получить доступ к обеим службам, одна на
http://yourserver/virtualdirectory/YourService.svc/Service1
и другой на
http://yourserver/virtualdirectory/YourService.svc/Service2