Вот соответствующий текст из ссылки Одеда ....
6.Если вы не развертываете настройки IIS, установите флажок Пометить как приложение IIS в месте назначения.
Этот параметрне отображается при развертывании параметров IIS, поскольку состояние приложения IIS веб-проекта является одним из развернутых параметров IIS.
Обычно этот флажок устанавливается, если параметр Включить все параметры IIS включен, как настроено в IIS Managerснят флажок на вкладке «Пакет / публикация в Интернете» на странице свойств проекта.Существует очень немного сценариев, в которых вы не хотите развертывать веб-проект в качестве приложения IIS на целевом веб-сервере.Например, предположим, что развертываемый проект на самом деле не является веб-приложением, а содержит только содержимое виртуального каталога, например изображения, файлы XML и т. Д.В этом случае вы можете снять этот флажок, чтобы развернутый проект не был настроен как приложение IIS.